Hds2 1170x135

Полезно

Биоинформатика

Наборы данных

Биоинформатика – наука с огромными объёмами открытых данных. Самые популярные биологические базы данных собраны на http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/).

Более полный список есть на http://sciencehackday.pbworks.com/w/page/24500475/Datasets#Biology+LifeSciences.

APIs

Почти все базы данных обладают API для работы с ними.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/api.shtml
http://www.1000genomes.org/node/517
http://www.ensembl.org/info/data/api.html
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PA...

Инструменты для разработчиков

Помимо открытых данных, почти все инструменты в биоинформатике разработаны в научных группах при университетах. Поэтому они преимущественно бесплатны и с открытым исходным кодом, имеют консольный интерфейс и плохую документацию (иногда никакую).

Для многих языков программирования есть соответствующие библиотеки с базовыми функциями парсинга данных и работы с биологическими базами данных, например https://github.com/biojava/biojava, https://github.com/biopython/biopython, https://github.com/bioperl.

Популярные проекты для анализа геномных данных: https://github.com/lh3/bwa, https://github.com/BenLangmead/bowtie, https://github.com/galaxyproject и другие.

Инструменты для неразработчиков

Биологи используют биоинформатические инструменты каждый день. Это могут быть как консольные инструменты, которые запускаются в основном на сервере, так и визуализаторы данных.

Популярные инструменты: https://ics.hutton.ac.uk/tablet/, http://ugene.net/

Популярные ресурсы, на которых можно найти ответы на вопросы: https://www.biostars.org/, http://seqanswers.com/

Космос

APIs

Астрономия

  • Astronomy LookUP from Jodrell Bank
  • flickr.photos.astro — YQL open table returning feeds of coordinates and names for tagged astronomy photos.
  • starchartjs — Not an API as such. Javascript library for drawing starcharts in <canvas>. Includes bright star catalogue, constellation figures and ephemerides for the planets.
  • starchartjs (SVG) — Javascript library for drawing star charts with Raphaël. Possibly better cross-browser compatibility than the <canvas> version, but slower. Includes bright star catalogue and constellation figures.
  • Sloan Digital Sky Survey (SDSS) SkyServer — access spectra and images from the survey.
  • CDS XML Web Services — convert astronomical coordinates via API.
  • SETI Institute Data - they've just announced upcoming APIs for some of their data.
  • NASA Extensions for Google Maps - mostly maps of the Moon and Mars
  • IFTTT Recipes for Outer Space
  • WFCAM - access to the UK Infrared Deep Sky Survey (UKIDSS)
  • Digitized Sky Survey - access the DSS by position on the sky.
  • SkyMorph/NEAT - Repository of Near Earth Asteroid Tracking CCD images
  • WorldWide Telescope Script Reference — Javascript API for embedding Microsoft WorldWide Telescope in web pages. Allows you to programme tours of the sky, embed external images, view other planets.
  • Zooniverse APIs - We are creating APIs in time for this event, such as Galaxy Zoo and Moon Zoo live classification feeds (see http://www.moonzoo.org/live). Feedback/suggestions welcome email robert.simpson@astro.ox.ac.uk.

Наборы данных

Астрономия, Астрофизика и исследования космоса

Инструменты для неразработчиков

Идеи для разработки:

Для популяризации:

1. Программа для скачивания снимков по дате и номеру с сайта eol.jsc.nasa.gov.

2. Программа для сборки и разборки GIF-анимаций, с возможностями сохранения оригинальных настроек и изменения размеров, скорости прокрутки, и качества. Функция "Сохранить весом до __ мегабайт".

Для космоса:

1. Программа основанная на принципах распознавания. Задача определения расположения космического аппарата на орбите Луны по наблюдаемым кратерам. Определяется положение над точкой поверхности и высота. На основе серии наблюдей провится траекторные измерения.

MedTech

APIs

HealthVault

https://msdn.microsoft.com/en-us/healthvault/healthvault.aspx

Withings Api

http://oauth.withings.com/api

Netrika api (апи для мед учреждений)

http://api.netrika.ru/

Health Kit

https://developer.apple.com/healthkit/

Nike

https://developer.nike.com/

Adidas

https://developers.adidas.com/services

Google Fit

https://developers.google.com/fit/

Wahoo Fitness Api (велотренажеры, велокомпьютеры, фитнестрекеры)

http://api.wahoofitness.com/

Myfitnesspal (еда, вес)

http://www.myfitnesspal.com/api

Api мед. словаря (англ)

http://www.dictionaryapi.com/products/api-medical-dictionary.htm

Jawbone Api

https://jawbone.com/up/developer

Наборы данных

База данных мед. сигналов (ЭКГ, ЭЭГ)

http://www.physionet.org/physiobank/database/apnea-ecg/

Сигналы EEG

http://sccn.ucsd.edu/~arno/fam2data/publicly_available_EEG_data.html

Физические упражнения

https://www.jefit.com/exercises/

Еще физические упражнения

http://www.topendsports.com/fitness/technique/

База данных мед изображений (рентген, маммография, томография и т.п.)

http://www.via.cornell.edu/databases/

База отпечатков пальцев, лица (требуется регистрация для полной базы, неделя проверки аккаунта)

http://biometrics.idealtest.org/findTotalDbByMode.do?mode=Fingerprint

Инструменты для разработчиков

Статья о системах для работы с медицинскими изображениями

https://ru.wikipedia.org/wiki/PACS

Описание мед. сигналов (экг)

http://lifeinthefastlane.com/ecg-library/basics/

Анализ фитнес-данных в матлабе (статья)

http://blogs.mathworks.com/loren/2014/07/14/analyzing-fitness-data-from-wearable-devices-in-matlab/

Методы обработки биомедицинских сигналов

http://ime.tpu.ru/study/discypliny/Methods-for-biomedical-signal-processing-and-data.htm

Классификация отпечатков пальцев

http://shs2.westport.k12.ct.us/forensics/04-fingerprints/fingerprints_handout.htm

Инструменты для неразработчиков

Статистика США

https://www.data.gov/health/

Еще много статистики зарубежной

http://www.healthdata.gov/dataset?f[0]=field_resources%253Afield_format%3A51

Статистика Россия

http://www.gks.ru/wps/wcm/connect/rosstat_main/rosstat/ru/statistics/population/healthcare/

Много разной статистики по заболеваниям

http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/DataSets

Как выполнить требования федерального закона №152-ФЗ «О персональных данных»

http://www.itsec.ru/articles2/Inf_security/kak-vypolnit-zakon-152-fz